Aubameyang ser ut til å forlate Signal Iduna Park denne måneden etter det siste i en rekke disiplinære spørsmål.
Og Dortmund antas å være villig til å gjøre forretninger for Gabon -internasjonale rundt £ 60 millioner pund.
Dortmund-sjef Stoger nektet å diskutere om en avtale var på gang i kjølvannet av Dortmund 2-2 Bundesliga-uavgjort med Freiburg.
'Han har hatt bedre dager,' sa Stoger, da han ble spurt om Aubameyang.
- Men vi klarte ikke å komme inn i kampen, og jeg kan ikke si noe om fremtiden hans.
Stogers kommentarer kom etter at sportsdirektør Michael Zorc hadde insistert på at Arsenal måtte møte klubbens verdsettelse av Aubameyang.
GETTY
Peter Stoger diskuterte ikke Pierre-Emerick Aubameyangs potensielle overgang til Arsenal lørdag'Enten våre krav er oppfylt, så kan det fortsatt være en overføring,' sa han.
Men hvis de ikke er oppfylt, spiller Auba til sommeren i Dortmund.
'Så det diskuteres forresten også med familien Aubameyang og godtas.
'Arsenal har startet flere forsøk som vi har takket nei til, så jeg kan ikke si hvordan det vil ende for øyeblikket.'